De las 45 recomendaciones que envió la Comisión Nacional de Derechos Humanos(CNDH) en 2006, ocho fueron para la Secretaría de Seguridad Pública federal y siete para el Instituto Nacional de Migración.

Entre las recomendaciones generales de la Comisión Nacional está la que se refiere al uso ilegítimo de la fuerza y de las armas de fuego por los funcionarios o servidores públicos encargados de hacer cumplir la ley, así como por la práctica de verificaciones migratorias ilegales, ambas referidas precisamente a las instituciones que tuvieron el mayor número de señalamientos.

La CNDH también envió tres recomendaciones tanto al Gobierno del Distrito Federal como a los institutos de Seguridad y Servicios Sociales de los Trabajadores del Estado (ISSSTE) y Mexicano del Seguro Social (IMSS).

La Secretaría del Trabajo y Previsión Social también recibió recomendación de la Comisión Nacional de los Derechos Humanos, al igual que autoridades como la Comisión de Derechos Humanos del Distrito Federal, el Congreso de Querétaro y el Estado Mayor Presidencial.

Los gobernadores que recibieron recomendaciones son los de Baja California, Guerrero, Querétaro, México, Michoacán, San Luis Potosí, Sinaloa, Sonora, Tlaxcala y Veracruz, de acuerdo con un comunicado de la CNDH.

En cuanto a los ayuntamientos, la CNDH envió recomendaciones a: El Carmen, Campeche; Hermosillo, Sonora; Ojocaliente, Zacatecas; Pinal de Amoles y Tolimán, en Queréraro; Pungarabato, Guerrero; San Salvador Huicolotla, Puebla; Tezonapa, Veracruz, y Tula de Allende, Hidalgo.

En su informe, la Comisión emitió tres recomendaciones generales: una relacionada con los centros penitenciarios del país, y las otras dos, como ya se mencionó, acerca del uso ilegítimo de la fuerza pública y armas de fuego por los funcionarios y una más sobre la violación a los derechos humanos de los migrantes.

El organismo presentó dos informes especiales: uno sobre el cumplimiento de la reforma al artículo 18 constitucional en materia de justicia para adolescentes y otro sobre el ejercicio efectivo del derecho a la seguridad pública.